Стройка космодрома «Восточный», по мнению Военной прокуратуры, незаконна. На момент начала постройки Роскосмос не имел всей необходимой документации для строительства космодрома. Штраф размером 500 тысяч рублей, назначенный судом, был опротестован Дальневосточным подразделением Спецстроя России.
В период с 7 марта по 8 июня 2012 года была проведена прокурорская проверка, выясняющая подробности возведения космодрома «Восточный», который признан объектом капитального строительства. Роскосмос и ФГУП «Дальневосточный» заключили между собой контракт, согласно которому строительные работы были начаты в октябре 2011 года, на момент начала строительства необходимые разрешение на постройку получены организацией не были. Данный факт был выяснен при проверке.
Штраф в 500 000 рублей был назначен Роскосмосу арбитражным судом Хабаровского края. но Роскосмос не признал своей вины, оспорив решение суда. Все необходимые разрешения были на момент принятия судебного решения получены. Осень 2011 года стала периодом начала работ, а с 25 апреля 2012 года были получены официальные разрешения на постройку.
Претензии прокуратуры можно отнести к бюрократизму, Александр Фадеев, занимающий пост гендиректора ФГУП «Центр эксплуатации наземной космической инфраструктуры» считает именно так. Данное предположение прокуратура отрицает.
